Bereits 1929 schuf Fritz Körner sechs in Fachkreisen beachtete Glasfenster für die Südschule in Jena, die heute leider zerstört sind. 1932 gründete er gemeinsam mit seiner Frau Grete, geb. Heilbrunn, ein Glaskunstatelier. Binnen weniger Jahre entstanden zahlreiche architekturbezogene Werke, wie etwa 1934 die Fenster der Grabkapelle im ostthüringischen Bad Köstritz, dem Germanenhaus in Jena und dem Ärztehaus in Weimar. Oft kombinierte er dabei die traditionelle Glasmalerei mit dem Glasschliff. Seine jüdische Frau erhielt 1935 Berufsverbot für Fritz Körner wurde es 1936 durch die Reichskunstkammer ausgesprochen, da er eine Scheidung ablehnte. Der Einspruch von ihm und der ihn unterstützenden Architekten blieb erfolglos, sodass das Verbot 1937 bekräftigt und somit rechtswirksam wurde. Mit viel Glück überlebte das Ehepaar die NS-Zeit.
Die erhoffte künstlerische Freiheit gab es mit der Gründung der DDR nicht: Er verweigerte sich dem verordneten „sozialistischen Realismus“ und schuf zwischen 1946 und 1955 die Chorfenster der beiden großen evangelischen Kirchen Jenas sowie die monumentalen Glasschliffbilder im Jenaer Rathaus.