Dank vieler erhalten gebliebenen Briefe ist es möglich, mehr über ihr für die damalige Zeit ungewöhnlich selbstbestimmtes Leben zu erfahren und darüber, welche Rolle für sie und ihre Familie die jüdische, katholische und evangelische Religion spielte.
Henriette Mendelssohn trat im Jahr 1812 zum Katholischen Glauben über. Sie erwarb sich im Laufe der Jahre eine kompromisslose Glaubensfestigkeit, die aber offensichtlich ihr gutes Verhältnis zu den beiden Berliner Brüdern nicht beeinträchtigte. Auch ihren Taufnamen Maria führte sie sehr bewusst.
Im Jahr 1831wurde sie auf dem katholischen St. Hedwigs-Friedhof an der Chausseestraße beerdigt, dort wo sich heute die Katholische Akademie befindet. Ein hohes Eisenkreuz mit der Inschrift „Redemisti me Deus, Deus veritatis“ schmückte ihr Grab. Bei der Auflösung des Friedhofs wurde das Grab samt Kreuz auf den neuen St. Hedwigs-Friedhof in der Liesenstraße überführt. 1955 wurde das Grab wegen Ablaufs der Liegefrist abgeräumt.